GRÂCE à la technique de séquençage de l’ADN, il est possible de récupérer l’ADN bactérien directement dans son écosystème, sans isolement et sans mise en culture. Ce progrès donne accès à l’intégralité du microbiome dominant et permet d’identifier l’information génétique qu’il porte. L’intérêt de cette méthode est d’abord taxonomique, permettant une classification des germes rencontrés : plus de dix millions de gènes ont été répertoriés, chaque individu portant en moyenne 600 000 de ces gènes (25 fois plus de gènes que le génome humain).