Cette pratique consiste à instiller le microbiome d’un individu en bonne santé chez un malade. Elle a été testée dans le diabète de type 2 et a montré que des patients pouvaient être sortis de leur diabète durant au moins six semaines après cette intervention. Une autre démonstration a été faite dans la colite récidivante à clostridium : la microbiothérapie donne de meilleurs résultats que les antibiotiques de dernier recours, guérissant plus de 90 % des malades.