L’origine d’une gastro peut être médicamenteuse en particulier lors de la prise d'antibiotiques. Les symptômes communément associés à une GEA, (vomissements et diarrhées) peuvent également être le signe d'un empoisonnement (fruits de mer, champignons toxiques) ou d'infections systémiques (pneumonie, septicémie, etc.). Un interrogatoire précis et le contexte clinique, permettent d'éliminer ces hypothèses. Il faut bien distinguer la diarrhée hydro-électrolytique (eau) des GEA virales et le syndrome dysentérique (glaires et sang) des GEA bactériennes.