Même si l’APA est connue pour ses bienfaits sur la santé, elle ne peut être conseillée chez tous les patients. Elle est ainsi contre-indiquée en cas d’Angor instable, d’insuffisance cardiaque décompensée, de troubles du rythme cardiaque complexes, d’hypertension artérielle pulmonaire, d’épanchement péricardique aigu, de diabète avec mal perforant plantaire, de pathologies pulmonaires graves et de toutes pathologies non contrôlées ou en phase d’exacerbation.